Zwischen 1694 und 1707 als Universitätskirche errichtet, verdankt Salzburg die Kollegienkirche dem Barockarchitekten und Bildhauer Johann Bernhard Fischer von Erlach, der in der Stadt u.a. auch die Dreifaltigkeitskirche und die Ursulinenkirche entwarf. Max Reinhardt und Hugo von Hofmannsthal sahen in der Kollegienkirche den geeigneten Ort für die Inszenierung ihres Mysterienspiels Das Salzburger große Welttheater (1922) – als Bedingung von kirchlicher Seite wurde eine Restaurierung des Gotteshauses „in unmittelbarer zeitlicher Verbindung mit der Aufführung“ gefordert. Max Reinhardt verzichtete auf sein Honorar und Hugo von Hofmannsthal widmete seine Tantiemen je zur Hälfte der Renovierung und der Festspielhaus-Gemeinde, so dass die Kirchenerneuerung letztlich zu je einem Drittel von Hofmannsthals Tantiemen, Mitteln aus der Festspielhaus-Gemeinde und Staatsgeldern finanziert wurde.

Dennoch diente die Kollegienkirche in den folgenden Jahren nicht mehr als Spielstätte. Konzerte geistlicher Musik fanden in der Zwischenkriegszeit im Dom und nach 1945 in der Aula der Universität statt. Eine szenische Aufführung gab es erst wieder 1969 mit Emilio de’ Cavalieris Rappresentazione di Anima e di Corpo in der Bearbeitung von Bernhard Paumgartner – einer Art geistlichen Oper, die im Jahre 1600 in Rom uraufgeführt worden war und bei den Kardinälen trotz spektakulärer Inszenierung mit kleinen Tanzeinlagen größten Anklang fand. Nach Händels Jephta (1984–1986) und Saul (1985) wurde 1987 George Taboris Interpretation von Franz Schmidts Das Buch mit sieben Siegeln in der Kollegienkirche inszeniert. Die sehr umstrittene Produktion wurde unmittelbar nach der Premiere auf Geheiß des Erzbischofs und des Rektors abgesetzt und nur noch konzertant dargeboten. Seit den siebziger Jahren wurde die Kollegienkirche für Kirchen- und Chorkonzerte der Salzburger Festspiele genutzt.

Das Festival Zeitfluss unter Tomas Zierhofer-Kin und Markus Hinterhäuser belebte ab 1993 die Spielstätte Kollegienkirche mit Werken zeitgenössischer Musik. Seit Markus Hinterhäuser 2007 die Konzertplanungen der Salzburger Festspiele übernommen hat, stellt die Kollegienkirche die zentrale Spielstätte der Reihe Kontinente dar. Im Jahr 2008 erfolgte im Rahmen des Kontinents Sciarrino die umjubelte Produktion von Salvatore Sciarrinos Oper Luci mie traditrici in der Regie und im Bühnenbild der großen bildenden Künstlerin Rebecca Horn.

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